โรงเรียนเบญจมราชรังสฤษฎิ์ 3 ชนะสงสารวิทยา แบ่งโครงสร้างการบริหารงานเป็น 6 กลุ่มงาน ได้แก่ กลุ่มบริหารงานวิชาการ กลุ่มบริหารงานงบประมาณ กลุ่มบริหารงานบุคคล กลุ่มบริหารงานทั่วไป กลุ่มบริหารงานกิจกรรมนักเรียน และกลุ่มบริหารงานนโยบายและแผน ผู้บริหารยึดหลักการบริหาร/เทคนิคการบริหารแบบมีส่วนร่วมและเน้นผลสัมฤทธิ์ (Schoolbased mangement and Resalt based mangement) และการพัฒนา ตามกระบวนการ PDCA
